Wieś założono w 1379 roku. Kapituła Chełmińska nadała w gminie „Klonowczyk” 40 łanów (jeden łan = ok. 16,8 ha) sołtysowi i wieśniakom. Z każdego łana płacono rocznie jedną markę pruską i dwa kurczaki. Przywilej odnowiono w 1504 roku sołtysowi nazwiskiem Tretwo. W końcu XVI wieku sołtysami byli: Walenty Jagiełka, po nim Jakub z Grodziczna, wreszcie Jakub Bronikowski. W 1647 roku Klonowo należało do katolickiej parafii we Wlewsku. Po zajęciu Prus Królewskich przez Prusy w wyniku pierwszego rozbioru Polski w 1772 roku, nowe władze szybko rozpoczęły przygotowania do przeprowadzenia na wcielonych terytoriach katastru kontrybucyjnego. Z polecenia Fryderyka II akcją tą kierował tajny radca Rembert Roden. Oszacowanie dochodów ludności stanowić miało podstawę do wprowadzenia na tych terenach pruskiego systemu podatkowego. W latach 1772/1773 nad tym zadaniem pracowały trzy komisje, w skład których wchodziło około 60 urzędników i 40 mierniczych. Efektem działań komisji był m. in. spis ludności wymieniający jednak tylko głowy rodzin, a nie wszystkie osoby zamieszkujące daną miejscowość. Z zachowanych dokumentów z tego spisu wynika, że zamieszkiwali wówczas w Klonowie:
W 1887 roku oddano do użytku linię kolejową Brodnica – Działdowo.
Po tej dacie należy umiejscowić powstanie tartaku, zlokalizowanego w bezpośredniej bliskości stacji kolejowej. Prawdopodobnie tartak w Klonowie został uruchomiony przez właścicieli Bryńska Szlacheckiego posiadających tam wówczas tartak parowy.
Początkowo, w 1889 roku, wybudowali z Bryńska Szlacheckiego do stacji w Klonowie "tramwaj" czyli linię wąskotorową kolejki końskiej, która jest widoczna do dzisiaj w postaci leśnego traktu zwanego „ferdebana”.
Czaplenski Thomas,
Dadaiski Simon,
Falkiewicz Lukas,
Kilianowsky Andres,
Kilianowsky Nicolai,
Krukowsky Frantz,
Logothnowicz Woycek,
Tomaszewsky Woycek,
Trzeciak Krist,
Zbizensky Josef.
Dadaiski Simon,
Falkiewicz Lukas,
Kilianowsky Andres,
Kilianowsky Nicolai,
Krukowsky Frantz,
Logothnowicz Woycek,
Tomaszewsky Woycek,
Trzeciak Krist,
Zbizensky Josef.
W 1887 roku oddano do użytku linię kolejową Brodnica – Działdowo.
Po tej dacie należy umiejscowić powstanie tartaku, zlokalizowanego w bezpośredniej bliskości stacji kolejowej. Prawdopodobnie tartak w Klonowie został uruchomiony przez właścicieli Bryńska Szlacheckiego posiadających tam wówczas tartak parowy.
Początkowo, w 1889 roku, wybudowali z Bryńska Szlacheckiego do stacji w Klonowie "tramwaj" czyli linię wąskotorową kolejki końskiej, która jest widoczna do dzisiaj w postaci leśnego traktu zwanego „ferdebana”.